サン・ニコロ礼拝堂の聖具室は、オフィチーナが現在の名前になり、王室の鋳造所となった1612年には早くも貯蔵室に改修されていました。そこには、ハーブやバラを蒸留してできた「水」と呼ばれる生産物が保管されており、それゆえ、この部屋は「水の部屋」と呼ばれるようになりました。これらの蒸留物は、ガラス瓶や銅製の容器に入れられ、デカンテーション用の「ピッチャー」を備えて、顧客にすぐに販売できるようになっていました。これは19世紀末まで続きました。容器は保存性を高めるために、ガラス製のフラスコにストローをかぶせ、衝撃から保護していたそうです。

2014年、オフィチーナは庭園を開設しました。かつて修道士たちは、修道院の高い壁に囲まれた小さな庭の中で作物を大切に守り、優れた天然物を得るために情熱を持って栽培していた時代がありました。この方法は囲われた庭（Hortus Conclusus）と呼ばれています。庭園の各要素にはそれぞれ意味があり、例えば泉は「生命の源」を象徴しており、各要素は五感を刺激するために存在していました。オフィチーナは、現在もフィレンツェのメディチ家ヴィラペトライアの近くに、自分たちの庭園を育んでいます。

1612年は、サンタ・マリア・ノヴェッラの香水・製薬研究室（オフィチーナ・プロフーモ・ファルマチェウティカ・ディ・サンタ・マリア・ノヴェッラ）の活動が開始された日として、一般的に知られています。それから2世紀半の間、薬局長はドミニコ会の修道士が務めました。その中には、17世紀の医学・錬金術科学の偉大な研究者の一人であり、メディチ家の王子やハプスブルク家の皇帝ルドルフ2世と親交のあったアンジョロ・マルキッシのような著名な人物もいました。

1743年から「アロマティシャン」として軟膏を製造していたコジモ・ブチェッリ修道士は、薬効成分と心地よい香りを組み合わせるのが得意な実験家で、化粧品や医薬品のレシピ集『Secrets of the Foundry of His Royal Highness』の著者でもありました。
この時期にアンティカ・スペツィエリアの部屋は大規模に改装され、オフィチーナの製品は、すでに世界に知らしめられていた、という記録が残されています。